纳税人将已填开的增值税专用发票遗失，应依据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》第二十八条和第二十九条的规定进行处理

纳税人丢失增值税专用发票，具体分为认定和未认定两种情况。

1.发票未认证的处理办法：

（1）一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票的发票联和抵扣联，丢失前未进行认证的，由买方持卖方提供的相应增值税专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证。

（2）一般纳税人遗失开具增值税专用发票发票联的，可将增值税专用发票作为记账凭证，增值税专用发票抵扣联复印件留存备查。

（3）增值税专用发票抵扣无法认证的，可以使用增值税专用发票，由主管税务机关认证。

2.发票已认证的处理办法：

（1）一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票抵扣联。如果在挂失前已经认证，可以用增值税专用发票复印件备查。

（2）遗失开具增值税专用发票的发票联的，可将增值税专用发票作为记账凭证，增值税专用发票抵扣联复印件留存备查。

（3）纳税人已认证，但丢失发票的，必须按国家规定向当地政府主管税务行政机关报告，并登报声明作废。税务机关对丢失发票的纳税人，可以按发票管理办法第三十六条规定，由税务机关责令限期改正，可以处以1万元以下的罚款。