税务代理机构存在的问题有：法律法规建设有待进一步完善、税务代理机构有待进一步的规范、税务代理业务需要进一步合理化和税务代理人员素质有待进一步的优化。 

税务代理机构需解决的问题

1.法律法规建设有待进一步完善。 

我国税务代理工作始于20世纪80年代中期，但直到1993年1月1日《中华人民共和国税收征收管理法》第三章第五十七条实施后，才首次规定“纳税人、扣缴义务人可以委托税务代理人代为办理税务事宜”。这些法律法规虽然初步确立了税务代理的法律地位，但作为税收管理法规，对于具有民法性质、为纳税人服务的税务代理来说，用处并不大。1995年9月16日，国家税务总局颁布了《税务代理试行办法》，规范了税务代理业务范围、税务代理资格、税务代理关系的确定和终止税务代理人的权利和义务。然而，由于缺乏配套的可操作的法律法规，在实践中，税务代理在许多方面仍处于尴尬的地位。

2.税务代理机构有待进一步的规范。 

根据《税务代理试行办法》的规定，"税务代理机构应当是国家批准的税务代理机构、会计师事务所和律师事务所。  然而，目前的情况是，大多数税务代理机构都是由税务机关发起设立的，与税务机关有着密切的联系，客观上成为了税收征管部门。 

3.税务代理业务需要进一步合理化。 

税务代理是委托代理，委托人只能是纳税人和扣缴义务人，不能是税务机关。但在日常工作中，纳税人并不是自愿委托代理人，而是接受税务机关的委托，为企业和个体户办理税务事宜。在代理过程中不按规定办事，滥收费用，严重影响了税务代理的社会形象。

4.税务代理人员素质有待进一步的优化。 

目前，税务代理业务还处于探索和发展阶段，税务代理业务是一种权威、垄断、高智商的业务，需要员工有强烈的责任感、奉献精神和高度的职业道德，精通税务知识和财务知识。 然而，从当前形势看，数量不足、年龄偏高、经营能力不均衡是较为突出的矛盾，在某种意义上已成为解决税务机关离退休人员和税务子女就业的一种途径。