在软件产业中，软件著作权的转让是一项重要的法律行为，涉及软件知识产权的财产性权利的转移。为了确保转让的合法性和有效性，以及保护交易双方的权益，转让软件著作权后需要进行登记。

一、申请软件著作权登记的部门

转让软件著作权后，应向国家版权局或其指定的地方版权局申请登记。国家版权局是国务院著作权行政管理部门，负责全国的著作权管理工作，包括软件著作权的登记、转让、质押等。为了方便申请人，国家版权局在中国版权保护中心设立了软件登记办事机构，负责具体办理软件著作权的登记事务。此外，国家版权局在一些地方设立了软件登记办事机构，以便申请人就近办理登记手续。

二、软件著作权登记的具体流程

1.准备申请材料：申请人需要准备转让合同、双方身份证明（如企业营业执照、个人身份证等）、原软件著作权登记证书等相关材料。这些材料是申请登记的基础，必须真实、完整、准确。

2.填写申请表：申请人需要在中国版权保护中心网站上下载并填写软件著作权转让登记申请表。申请表应包含转让双方的基本信息、转让的软件著作权信息、转让的权利范围等内容。

3.提交申请材料：申请人将准备好的申请材料和填写好的申请表提交到中国版权保护中心或其指定的地方版权局。提交方式可以是现场提交，也可以通过挂号信函或特快专递邮寄。

4.初步审查：中国版权保护中心或地方版权局对提交的申请材料进行初步审查。如果材料齐全、符合要求，将受理申请并发出受理通知书。

5.实质审查：在初步审查通过后，中国版权保护中心或地方版权局将对申请进行实质审查。主要审查转让合同是否真实有效、转让的权利范围是否明确等。

6.登记公告与颁证：审查通过后，中国版权保护中心将在软件著作权登记公告上发布转让信息，并颁发新的软件著作权登记证书。新证书上将注明转让后的权利人和权利范围。

三、软件著作权登记的注意事项

1.确保申请材料的真实性、完整性和准确性。

2.严格按照规定的格式和要求填写申请表。

3.遵守相关法律法规和规章制度，确保转让行为的合法性和有效性。

4.如有需要，可以咨询专业律师或版权代理机构，以获取更准确的法律意见和帮助。